Pada tanggal 27 Mei 2006 pagi hari, gempa dengan kekuatan 5,9 skala Richter telah mengguncang Yogyakarta , Klaten dan sekitarnya. Didapatkan ribuan korban meninggal, luka berat dan ringan akibat tertimpa runtuhan dan luluh lantak bangunan rumah serta gedunggedung di daerah gempa. Sehubungan dengan ini maka Pengurus Pusat PDPI dalam hal ini Sekretaris Umum bersama Bendahara mengambil inisiatif mengadakan bakti sosial untuk korban gempa di lokasi bencana karena Ketua Umum sedang berada di luar negeri.
   Langkah pertama adalah atas nama Ketua Umum menunjuk Dr. Hadi Subroto, Sp.P(K), MARS yang juga Wakil Ketua PP PDPI sebagai koordinator Kegiatan Bakti Sosial PDPI di daerah bencana. Pada tanggal 30 Mei 2006, Sekretaris dan Bendahara meluncur ke Yogyakarta untuk mempersiapkan kegiatan baksos gempa sekaligus bertemu dengan Dr. Hadi Subroto dalam rangka koordinasi. Diputuskan ada 2 lokasi kegiatan BAKSOS PDPI yaitu Klaten dan Yogyakarta, dan ditunjuk Dr. Reviono, Sp.P sebagai koordinator kegiatan wilayah Klaten dan Dr. Yurizal Jam'an, Sp.P sebagai koordinator kegiatan wilayah Yogyakarta.
   Sekretaris dan Bendahara menyempatkan turun ke lapangan khususnya di daerah Bantul untuk berkoordinasi dengan aparat serta Satkorlak setempat bersama Dr. Iswanto, Sp.P yang banyak kontribusinya menyiapkan POSKO PDPI di Bantul serta akomodasi dan transportasi dokter yang bertugas di POSKO tersebut. Sekretaris Umum meluangkan waktu sampai tanggal 3 Juni memberikan pelayanan pengobatan di POSKO PDPI yang berlokasi di BP4 Bantul untuk mengawali kegiatan BAKSOS PDPI. Untuk selanjutnya diteruskan oleh PPDS FKUI Jakarta yaitu Dr. Subagyo dan Dr. Dicky Soehardiman yang bertugas sampai tanggal 8 Juni 2006 dan diteruskan oleh Dr Donni Irfan Alfian dan Dr. Bagus Nugroho PPDS FK UNAIR Surabaya sampai tanggal 13 Juni 2006. PPDS FK UNIBRAW yaitu Dr Suharsono dan David Ridwan Liunanda juga berpartisipasi dalam kegiatan BAKSOS ini. Kegiatan BAKSOS PDPI ini diselesaikan oleh PPDS FKUI yaitu Dr. Diah yang bertugas sampai tanggal 17 Juni 2006. Hasil kerja seluruh tim BAKSOS PDPI ini telah dipresentasikan pada kegiatan ilmiah (PIK) di Batam.